Tefsirinde tabıatçılar ve felsefecilerle dâima münazara etmiş ve onlara meydan okumuştur. O Kur'ân'ın hikmetlerini ortaya çıkarmaya çalışmış veya insanları Kur'ân'ın kaynağına doğru sevketmiştir. Kur'ân'ın ilk sûresi olan el-Fâtiha'yı tefsir ederken tefsirdeki metodunu ortaya koymağa çalışmış diğer sûreleri de orada koyduğu esaslara göre incelemiştir. Sûrelerin başlangıçlarında o sûreden elde edilen faydaları kay­deder tefsirinde ilmi meseleler hikmetler terbiye belagat nükteleri Arapça dil­bilgisi kaidelerinden istifade edilerek terkiblerden elde edilen neticeler manala­rın teselsülü ve kelâmı meseleler yer alır. 

er-Râzî bir âyeti tefsir ederken o ayeti tefsîre yardım eden diğer birçok âyet­leri zikreder ve orada pek çok faydaları da kaydetmeyi ihmal etmez aklî delillerle nakli teyid etmeye çalışır. Bütün meseleleri ikna edici bir uslûpla ve sağlam felsefi münakaşalara dayandırarak incelemiştir. 

er-Râzî usûl ve furu'dakı aklî kaidelere dayanarak tefsir ilmine de aklî unsuru bol miktarda sokmuştur. Ona göre sahih olan nakil sahih olan akla muhalif ol­maz. Zira her ikisi de aynı kaynaktan çıkmaktadır. Aralarında hakiki bir zıtlığın varlığı mümkün değildir. İşte bu hususu er-Râzî tefsirinde tatbiki olarak isbât etmiştir.

Tefsir ilminde uygulanan en mühim hususlardan biri sahabe ve tabiilerin tef­sirlerine muttali olmaktır. er-Râzî de bu usûlü esas kabul etmiş sahabe ve tabiile­rin rivayet ettikleri tefsire bilhassa lugavî mânalar nuzûl sebebi kıraat ve çeşitli hüküm verişleri yönünden onlara ehemmiyet vermiştir.(Eserin metodu hakında daha geniş bilgi için bk. Fahruddin Er-Râzi Tefsir-i Kebir Mefâtihu’l-Gayb Akçağ Yayınları)